文物作为不可再生的文化遗产载体，其保护关乎国家利益与社会公共利益，然而数字经济与城乡建设快速发展背景下，文物破坏呈现多元化、隐蔽性特征，相关违法案件中大量公共利益损害因救济渠道缺失导致保护滞后。2024年修订的《文物保护法》增设第99条后，各地检察机关积极履职，案件数量同比增长且取得显著保护成效，但仍存在诸多实施困境。本文以该制度法定化为背景，聚焦核心问题展开研究，发现当前文物保护公益诉讼主要面临三大困境，通过深入分析表明，这些困境的核心症结在于《文物保护法》仅原则性规定“严重损害或严重损害风险”，未明确具体认定要素与操作规范，同时还受到法律适用衔接断层、线索发现机制不均衡、程序规则不完善等多重因素影响。基于此，本文通过案例分析厘清问题成因，提出需以立法细化为基础，完善不同类型案件适用标准；以专业保障体系构建为支撑，强化基层检察机关专业能力与区域协作；以裁判规则统一为关键，通过司法解释完善、典型案例指引等方式构建兼具专业性与统一性的规则体系，推动文物保护公益诉讼制度从形式确立走向实质完善。